Dans le pays de Clow, vivent Sakura et Shaolan, qui s'aiment secrètement. Shaolan, simple citoyen, vit au sein de la famille royale depuis que son père archéologue est mort. Les années passent et Shaolan reprend le travail entamé par son père en explorant les ruines du pays de Clow. Un soir, les deux amis découvrent un étrange blason dans les sous-sols et subissent une attaque ennemie. Une force mystérieuse fait perdre la mémoire à Sakura et les plumes qui matérialisent son âme se dispersent. Pour la sauver, il n'y a quÕun seul moyen : Shaolan doit voyager de dimension en dimension pour retrouver les fragments de mémoire de Sakura.
Tsubasa Reservoir Chronicle fait référence à d'autres séries déjà cultes telles que Chobits, ou Card Captor Sakura, en reprenant certains de leurs personnages. Ce titre est aussi subtilement lié à un autre titre du studio, xxx Holic. Clamp met en place un cross-over entre ces deux séries qui peuvent toutefois se lire indépendamment l'une de l'autre. On retrouve l'univers graphique estampillé Clamp.
